常见问题
研发费用真实性存疑，研发费大于管理费或占比过高。
研发费归集不合理，如研发人员人员年均费用远低于一般人员水平，直接投入占研发费总额的比例过高，不同研发项目支出金额、结构完全一样。
委托外部研发的支出全额计入研发费，未按80%计入研发费。
研发费用中其他费用占比超过20%。
研发费用明细表和研发项目(RD)表不一致。
委托外部研发支出与附件材料产学研合作协议所列不一致。
一、关于研发费用占比问题
最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。
PS:某信息技术有限公司，最近一年销售收入2,000万元，近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例为2.84%，其他条件都符合，但因比例为2.84%低于5%就未通过高企认定。
二、高企研发费用的归集：
研发项目的确定是企业开展研发费用归集、项目资料整理的基础。根据《高新技术企业认定管理办法》与《高新技术企业认定管理工作指引》(以下简称《工作指引》)的要求，研发开发活动必须要有一定的创新性和先进性。
《工作指引》也规定企业的研发费用要以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算。企业应对包括直接研究开发活动和科技计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。企业应按照研发费用结构明细表设立高新技术企业认定专用的研发费用辅助明细账，并提供相关凭证及明细表。
特殊要求：
(1)委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额;支付的特许权使用费一般情况下不能作为委托外部研究开发等研发费用;
(2)境外发生的研发费用不超过总额的 40% 限额;
(3)其他费用不超过总研发费用的20%;
(4)研发费用最终“应当”在费用项下列支，在归集时不应从未结转费用的成本项中筛选;
三、研发费用调整中应注意的问题：
按照原国税函 [2009]203 号文的要求，高新技术企业需要在汇算清缴期间向税务机关报送研究开发费用结构明细表。
在再次认定或者各类检查中，企业需要重点关注与之前申报数据的一致性，避免出现前后矛盾的情况。注意跨期研发费用的处理高新技术企业各要素之间具有很强的逻辑上的关联性。与知识产权有关的项目，应该在无形资产摊销项下体现。另外，过于庞大的研发项目可以考虑分拆，但是相关费用不能简单的平均分摊，应当有合理的分摊依据。
跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用。
四、常见问题解答
研发费用的比率如何确定？
答：企业研究开发费用占比是企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比值，而不是每一个会计年度研究开发费用占当年销售收入总额的比值。
高企对每年企业研发数量有要求吗？
答：高企认定对前三年做几个研发项目没有具体要求。建议企业根据实际立项情况确定，其中政府立项项目务必列入。没有明确的研发项目，要根据企业研发人员数量、研发费规模确定项目数量，不宜过多或过少。
对单个研发项目费用多少有要求吗?
答：没有明确要求。但由于立项不宜小而多，所以要进行归类，形成几个技术含量较高的大项目进行立项。这样在做加计扣除时项目也更有说服力。
研发项目的数量及名称一定要跟转化的产品/服务数量和名称完全一致吗？
答：没有必要完全一致。公司一般通过研发取得知识产权成果(也可以没成果)，授权的知识产权经成果转化形成产品或服务，这是两个不同的过程。另外，一项产品可能由多个知识产权转化而来;或者由于开票限制或产品命名习惯，会导致产品很难跟知识产权完全对应。
申报高企需提供研发费辅助账，企业从未做过怎么办？
答：研发费辅助明细账是申报高企的必备附件，核算不清、辅助账不完整、不规范或暂未建立都会影响高企申报。科税建议企业日常就开始按《工作指引》相关要求编制研发费用辅助账，归集研发费用。若没有，则需要临时按项目分类归集。
若研发费用委托外部开发，研发费用如何计算?
答：财税[2015]119号文规定：企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用。企业委托个人研发，应取得发票。
未做过加计扣除，可以申报高企吗?
答：高企认定对企业三年做几个研发项目没有具体要求。科税建议企业根据企业研发人员数量、研发费规模进行确认归集，合理即可。
“高新企业申报的房租费“是不是属于研发费？
答：根据《高新技术企业认定管理工作指引》(国科发火[2016]195号)第三条第六点规定，通过经营租赁方式租入的用于研发活动的固定资产租赁费可以计入研究开发费用。
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